South Africa
国名です。この文脈では、アパルトヘイト終焉後の社会や政府を指します。
has made significant progress
「大きな進歩を遂げた」という意味の現在完了形の表現です。「make progress」は進歩する、「significant」は重要な、を指します。
since the end of apartheid
「アパルトヘイトの終焉以来」という意味です。「since」は~以来、「end」は終わり、「apartheid」はかつて南アフリカで行われていた人種隔離政策を指します。